С 2004 по 2006 годы Сергей Плуготаренко — исполнительный директор, а позже и директор конкурса «Премия Рунета». С 2005 года координатор программных комитетов ряда крупнейших отраслевых конференционных мероприятий, включая Российский интернет форум (РИФ) и Russian Internet Week.

Сергей стал идеологом создания Ассоциации электронных коммуникаций (РАЭК), объединяющей крупнейших игроков российской интернет-отрасли. Позднее стал директором РАЭК. Также является идеологом и основателем Института развития интернета.

Сергей Плуготаренко был членом Совета Координационного центра доменов .RU/.РФ, а также экспертного совета АНО «Центр реализации национальных проектов Российской Федерации».

В 2022 году Сергей Плуготаренко избран генеральным директором АНО «Цифровая Экономика».

Сергей Плуготаренко признан «Человеком года» по версии сетевого конкурса «РОТОР 2009», входил в «Великолепную двадцатку Рунета» Союза интернет-деятелей «ЕЖЕ», награжден премией «Медиа-менеджер России» в номинации «За вклад в развитие отрасли», в июне 2015 года получил благодарность Президента Российской Федерации за заслуги в развитии системы профессиональной подготовки кадров России. В 2017 году стал лауреатом награды Virtuti Interneti — «За заслуги в сфере интернета».