Доцент кафедры прикладной экологии в Санкт-Петербургском государственном университете: преподает базовые курсы в составе магистерской программы «Экология. Биоразнообразие и охрана природы» в СПбГУ: Экологическое нормирование с основами метрологии и химии окружающей среды, Экология города, Экологические проблемы Балтийского моря, Экологические функции почв, Технологии очистки и химико-биологический контроль качества воды и др., а также занимается научной деятельностью, в частности выполняет грант Президента РФ для молодых кандидатов наук, являясь его руководителем, на тему: «Биогеохимическая оценка содержания тяжелых металлов и закономерности их миграции в почвах пирогенных ландшафтов (на примере лесных экосистем Северо-Запада России)», а также является исполнителем проектов Министерства науки и высшего образования РФ «Создание и развитие научного центра мирового уровня «Агротехнологии будущего» (2020-2027) СПбГУ № GZ_MDF_2023-1 «От карбонового полигона к углеродному регулированию: потенциал и пути развития секвестрационной углеродной индустрии на территории Ленинградской области и Санкт-Петербурга» (2023-2026), РНФ 23-16-20003 «Экологическое и биологическое состояние залежных почв Северо-Запада России: анализ потенциала «скрытой» продовольственной корзины и продовольственных экосистемных услуг» (2023-2025), РНФ 24-44-00006 «Сравнительное метагеномное исследование микробиома углеродного цикла в регионах вечной мерзлоты на полуострове Ямал и Цинхай-Тибетском нагорье» (2024-2026). Результаты научной работы Чебыкиной Е.Ю. опубликованы и представлены в материалах конференций, отражены в научных статьях (более 48 статей), в том числе из списка ВАК, Web of Science и Scopus, а также в ряде РИД.