С марта 2024 года возглавляет Федеральный центр прикладного развития искусственного интеллекта (ФЦПР ИИ), учреждение, созданное для поддержки отечественных ИТ-разработок, повышения доступности цифровой инфраструктуры и внедрения прикладных решений на базе искусственного интеллекта в промышленности. Под руководством Эдуарда Шантаева Центр реализует инициативы по развитию цифровой трансформации в промышленном секторе и содействует экспорту российских высокотехнологичных решений.

Ранее, с 2019 по 2024 год, занимал должность советника и начальника отдела развития цифровой инфраструктуры Департамента цифровых технологий Минпромторга России, где курировал проекты по созданию цифровых инструментов для промышленности, включая государственную информационную систему промышленности (ГИСП).